Początki gminy żydowskiej sięgają połowy XV wieku. W tym czasie istniała drewniana świątynia, która według legend była darem zakochanego króla Kazimierza dla Żydówki Esterki.
W trakcie II Wojny Światowej, po przybyciu frontu do miasta w 1944 roku, hitlerowcy, a potem polska ludność doszczętnie zdewastowali budynek. Opuszczony i popadający w ruinę został dopiero odnowiony w 1953 r. i zaadaptowano go na salę kina „Wisła”, które działało do 2003 r. W odbudowanej po zniszczeniach synagodze, nie możemy już podziwiać pięknych polichromii, ornamentalnych zdobień czy rokokowych kartuszy. Pozostały jedynie puste, kamienne sale.
Na ścianie, od strony Małego Rynku, możemy zobaczyć tablice upamiętniającą kazimierskich Żydów, pomordowanych w trakcie II Wojny Światowej.
Obecnym właścicielem synagogi jest warszawska gmina żydowska. Dziś w budynku synagogi mieści się sklep Judaika z koszernymi produktami, kawiarnia ,,U Esterki” oraz pokoje do wynajęcia. W sali głównej na parterze latem odbywają się koncerty, spektakle, pokazy filmowe.